Santos (SP) ficou em estado de atenção após registrar rajadas de vento de até 93 km/h na noite de 11 de setembro e 55,7 mm de chuva entre a meia-noite e as 9h do dia 12; o acumulado nas 72 horas chegou a 105,8 mm, e a ocorrência provocou três quedas de árvores e pontos de alagamento que impactaram o trânsito.
A Prefeitura divulgou o balanço da Defesa Civil em 12 de setembro, com atualização em 13 de setembro. Foram registradas três quedas de árvores: na Rua Major Arthur Alves Firmino, 36 (Rádio Clube), envolvendo um fícus de grande porte; na Rua Alfredo Albertini, 29 (Marapé), também com um fícus de grande porte; e na Rua Luiz de Camões, altura do número 29 (Vila Mathias). A Coordenadoria de Paisagismo atuou na remoção e limpeza, com apoio de agentes da CET em ao menos um dos locais. A Prefeitura informou que a intervenção que dependia da atuação da CPFL tinha previsão de ser concluída até o fim do dia e que a equipe da Copaisa concluiria o atendimento na Vila Mathias.
A CET-Santos registrou pontos de alagamento em três avenidas. Na Avenida Nossa Senhora de Fátima, no trecho entre as ruas Ana Santos e Boris Kauffmann (Chico de Paula), todas as faixas ficaram alagadas, mas o tráfego permaneceu transitável pela faixa esquerda, com sinalização de orientação. Na Avenida Visconde de São Leopoldo, entre as ruas Gonçalves Dias e São Bento (Valongo), a faixa direita, usada como corredor de ônibus, ficou alagada; as faixas central e esquerda permaneceram transitáveis. Na Avenida Brigadeiro Faria Lima, entre a Praça José Derito e a Rua Antônio Ablas Filho (Rádio Clube), todas as faixas ficaram alagadas e o trecho tornou-se intransitável; a linha 153 desviou pela Avenida Vereador Álvaro Guimarães.
Também houve semáforo apagado no cruzamento da Praça Fernando Prestes com a Rua Santos Dumont (Macuco); o trecho ficou bloqueado, com desvio pela Avenida Afonso Pena. A Secretaria de Desenvolvimento Social manteve equipe de plantão no Morro da Vila Progresso e montou acolhimento emergencial na Vila Criativa, sem registro de encaminhamentos até aquele momento. A Prefeitura informou que cerca de 160 profissionais da Secretaria das Prefeituras Regionais estavam em prontidão para ações de urgência urbana e que manteve o monitoramento das condições e das ocorrências.
A Prefeitura orientou que, em novas chuvas, a população acompanhe os canais da Defesa Civil e da CET, evite áreas alagadas e não tente atravessar trechos inundados.